Węgorapa wypływa z jeziora Mamry, przepływa przez Węgorzewo i po połączeniu z Instruczą tworzy Pregołę. W okolicach Węgorzewa rzeka rozwidla się na dwa ramiona: Kanał Młyński i Węgorapę, które łączą się po kilku kilometrach. Za Mieduniszkami rzeka przekracza granicę państwa i płynie w kierunku północnym do połączenia z Instruczą. Długość rzeki (uwzględniając jej naturalne koryto), wynosi 172 km, w tym 66 km znajduje się na terenie Polski (biorąc jako główny nurt kanał odcinający Wielką Pętlę Węgorapy – odpowiednio 139,9 km oraz 44 km), reszta na terenie obwodu kaliningradzkiego.